生物数据分析相关软件大全
测序??峰图转化 Phred/Phd2Fasta ；载体屏蔽 cross_match 36；序列聚类拼接；引物设计 Primer3
序列的比对
全局比对 ??Clustalw ；MUSCLE ；HMMER
局部比对 ??Blast ；blat ；blastz ；GeneWise ；Fasta ；Exonerate ；Sim4
重复序列分析??RepeatMasker；Trf ；LTR_STRUC
RNA分析 ??Glimmer ；GlimmerM ； Genscan ；TwinScan ； BGF ；Fgenesh ； InterproScan ； WEGO
SNP分析 ??Polyphred ；SNPdetector ；cross_match
进化分析专题??Phylip ；Paml ；KaKs_Calculator ； FGF ；mega
基因表达分析专题 ??EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签分析； EST分析流程；EST Pipeline(BEP)
生物芯片(Microarray)分析??Motif预测 ；MEME/MAST系统； MDScan
蛋白质结构预测??Threading方法
生物学相关网址
功能基因组分析
Transcription profiling technologies??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html
Protocols for cDNA array technology ??http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html
Data management and analysis of gene expression arrays??http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML
GeneFiltersTM(Research Genetics)??http://www.resgen.com
Gene Discovery Arrays (Genome Systems)??http://www.genomesystems.com
AtlasTM Arrays (CLONTECH)??http://www.clontech.com
BioEdit ??http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
Primer3（PCR引物设计）??http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi
Putative DNA Sequencing Errors Check??http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/
多种数据库、分析工具和生物信息学机构??http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools
多种数据库和分析工具??http://www.ebi.ac.uk/Tools/
Comparative sequence analysis??http://www.bork.embl-heidelberg.de/
未完待续......
