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技术快报:LightBench(全自动核酸电泳分析回收系统)助力ccfDNA检测研究

       循环游离DNA(circulating cell-free DNA,ccfDNA)是人及动植物体液中、在细胞外,处于游离状态的DNA 分子。作为一种非入侵性的疾病诊断标志物,ccfDNA的检测有望替代目前的侵入性方法,在早期实现疾病的诊断和监控。因此ccfDNA在在液体活检领域掀起一阵新风暴。

       来源于肿瘤细胞的ccfDNA又称为循环肿瘤DNA(Circulating cell-free DNA,ctDNA)。ctDNA含量与肿瘤进展阶段密切相关,准确检测ctDNA含量对肿瘤诊断和治疗有十分重要的意义。然而相较于全部ccfDNA,血液里ctDNA的含量很少,表现为非常低的等位基因频率。因此,通过PCR和三代测序的方法检测超低浓度的ctDNA时,产生误差的概率大大增加。全世界的科研工作者就如何降低这类误差做出了许多探索。近日,美国科学家借助LightBench全自动核酸凝胶电泳成像分析回收系统,并将独特应用发表了文献《Automated size selection for short cell-free DNA fragments enriches for circulating tumor DNA and improves error correction during next generation sequencing》。研究指出,通过提取较短片段的ccfDNA可以提高ctDNA的基因频率,从而实现ctDNA的富集并且减少PCR和测序结果的误差。

        LightBench能对每个泳道电压独立控制,可使得从25bp至基因组大小的目标片段同时到达回收孔,从而实现全自动富集回收。基于LightBench的这一功能,研究人员对黑色素瘤患者的ccfDNA富集回收分析,分离得到了较小片段的ccfDNA,并通过后续PCR及测序证实了此方法可以准确且可重复地分离目标片段大小ccfDNA。

       接下来,研究人员对分离得到的较短片段的ccfDNA进行研究,对其中的目标ctDNA进行PCR扩增和测序,检测ctDNA含量。结果显示,较短片段的ccfDNA亚群中,ctDNA含量相对较高,实现了富集。


并且,研究人员对健康患者富集后的ctDNA和未经过富集的ctDNA进行了检测,并统计假阳性概率。结果显示较高的ctDNA含量可以减少结果的误差。


        综上所述,基于LightBench全自动核酸凝胶电泳成像分析回收系统,研究人员分离得到了较短片段的ccfDNA,并实现了ctDNA的富集。从而降低肿瘤液体活检过程中出现假阳性结果的概率,提高了肿瘤筛查和诊断准确性,大大提高了将这些研究结果转化为临床应用的潜力。

关于LightBench全自动核酸电泳成像分析回收系统

      LightBench全自动核酸电泳成像分析回收系统,是Coastal Genomics公司研发的集电泳图谱分析、片段选择回收、核酸浓度测定三大功能于一体的仪器。可以助您轻松完成枯燥繁琐的琼脂糖凝胶电泳实验!

     LightBench采用专利的Ranger Technoogy进行全自动凝胶电泳,每次运行可同时分析96份样本,纯化回收12份样本,成像范围从25bp至基因组大小,DNA回收率80%以上。同时兼容汉密尔顿机器人液体处理装置,帮助用户提升工作效率,简化工作流程,快速实现高通量核酸分析及核酸片段回收。

       普瑞麦迪(北京)实验室技术有限公司于2018年5月正式成为Coastal Genomics中国区独家总代,期待进一步推进中国市场核酸研究与检测领域的发展!同时诚邀全国各区合作伙伴与我们携手合作!


LightBench技术优势:

●  精确的片段长度分析:25bp-基因组大小

●  低成本的片段全自动纯化回收

●  高灵敏度检测:200pg-1000ng;

●  高效率:96 个DNA片段长度分析<30min

●  全自动样品追踪

灵活兼容液体处理装置及核酸定量试剂


LightBench可应用于以下应用领域

●  三代测序

●  CFDNA富集

●  液体活检

●  考古等稀有DNA富集

·基因合成

·基因克隆

·基因测序

·基因分型

·核酸定量分析

·限制性片段长度分析