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常见问题

Firefly microRNA试剂盒检测原理是什么?

我们的试剂盒是使用多孔水凝胶微粒,此微粒是基于我们专利技术的光学液体冲压(Optical Liquid Stamping)方法制成。每一个微粒都有一个荧光感应条形码映射(mapped)特定的microRNA 序列。MicroRNAs 杂交探针贯穿于大量的微粒检测区。高达70多种不同的微粒种类混合于单体井道(in a single well),实现高水平的多路复用技术(multiplexing ),你可以选择68个探针和2个对照。更多信息请点击 :http://www.fireflybio.com/technology

使用firefly microrna assay 检测极限是多少?

对于大部分targets检测 低于1 attomole左右(For most targets we can detect down to 1 attomole.)。

测序深度和覆盖度是什么?

测序深度是指测序得到的总碱基数与戴测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M,测序深度为10X,那么获得的总数据量为20M。覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖所有的区域,这部分没有获得的区域称之为Gap。例如一个细菌基因组测序,覆盖度为98%,那么就有2%的序列区域是没有通过测序获得的。

各种测序基本概念

De novo测序:称之为从头测序,其不需要任何现有的序列资料就可以对某个物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼接,组装,从而获得该物种的基因组图谱。 外显子测序(Whole exon sequencing):利用序列捕获技术将基因组外显子区域DNA捕获并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。外显子测序相对于基因组测序成本较低,对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势,但无法研究基因组结构变异如染色断裂重组等。 转录组测序(RNA-Seq):转录组是在基因组学后新兴的一门学科,即研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA(包括mRNA和非编码RNA)的类型和拷贝数。可以分析基因表达、cSNP、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等最全面的转录组信息。 miRNA测序:成熟的microRNA是17-24nt的单链非编码RNA分子,通过与mRNA相互作用影响目标mRNA的稳定性及翻译,最终诱导基因沉默,调控着基因表达、细胞生长、发育等生物学过程。基于第二代测序技术的microRNA测序,可以一次性获得数百万条microRNA序列,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的microRNA及其表达差异。

Illumina测序平台Hiseq2500测序中的相关概念

Library概念:通过特定方法将不同DNA分子两端加上接头序列的混合产物。 FlowCell概念:固定有特定oligo序列且中空的用于DNA簇生成的载体。每一个Flowcell上包含8个lanes,每一个lane上包含2个columns,每一个column上包含60个tiles,每一个tile每一个循环进行4次扫描。 Cluster概念:Library在FC上通过桥式扩增生成的DNA簇,每个DNA簇才能产生亮度达到CCD可以分辨的荧光点。 Reads概念:高通量测序平台产生的序列标签。